Os objetivos do Instituto fundamentam-se na construção de uma rede de pesquisa colaborativa em produtos naturais da biodiversidade brasileira com vistas ao:
- desenvolvimento de pesquisa básica em produtos naturais com foco nos últimos avanços sobre métodos cromatográficos e espectrométricos hifenados de última geração (LC-DAD-ESI-MS ou LC-NMR), para documentação química de extratos (metabolômica e desreplicação),
- aplicação, adaptação e desenvolvimento de ensaios biológicos preliminares visando a viabilização das pesquisas de bioprospecção,
- pesquisa de bioprospecção sobre as inúmeras espécies dos ecossistemas tropicais e equatoriais terrestres e marinhos visando a descoberta de novos modelos de medicamentos, cosméticos, produtos para agricultura, suplementos alimentares, candidatos para o desenvolvimento de produtos economicamente viáveis,
- geração de conhecimento novo sobre os produtos naturais da biodiversidade brasileira, objetivando a excelência na área em todo o território nacional,
- formação de recursos humanos para nucleação de novos grupos deexcelência em Química de Produtos Naturais,
- Desseminação do conhecimento em biodiversidade e produtos naturais para a sociedade em geral,
- Buscar parcerias com setores públicos e empresarial voltadas para a melhoria da sociedade e inovação tecnológica em ativos da nossa biodiversidade